Великое народное движение, поднятое Хмельницким, сообщило новый строй всей Восточной Украине - Гетманщине. Казацкая военная организация уже в первых десятилетиях XVII в. постепенно оседала и прикреплялась к земле по мере того, как все большее число оседлого и хозяйственного крестьянского и мещанского населения отдавалось под казачий присуд и записывалось в войско. Разделение казачьего войска на полки переходило в разделение оказаченной территории на полковые округи. Уже в 1630-х гг. существовали такие полки, как Чигиринский, Черкасский, Каневский, Корсунский, Белоцерковский, Переяславский и даже Лубенский - хотя Лубенщина была частным владением, а не королевским. Уже в это время полковники, сотники и атаманы являлись не только начальниками своих войсковых отрядов на войне, но сохраняли свое значение и мирное время, как власти судебные и административные для всего казачьего населения своего округа, заменяя для него всякую иную власть. Восстание Хмельницкого надолго устранило из обширных пространств Восточной Украины, из воеводств Киевского, Брацлавского Черниговского всякую иную власть - остались только выборные городские магистраты, остались монастырские поместья, в которых продолжали сохраняться старые порядки вотчинного управления, и вне его было одно только свободное, в значительной степени оказаченное население. Те, кто не присоединился к казакам, записывались в мещане, безразлично, жили ли они в городах или в селениях, и с них собирались различные доходы в казачью войсковую казну. Казачье население податей не платило и только отбывало военную службу. В этот период беспрерывных казачьих войн казачьи власти старались иметь этого казачьего населения возможно больше, да и само население находило более безопасным записываться в казаки, чтобы не попасть снова в крепостное состояние.

Число полков при Хмельницком было неодинаковым. В реестре 1649-50 гг. на правой стороне Днепра было девять полков: Чигиринский, Черкасский, Каневский, Корсунский, Белоцерковский, Уманский, Брацлавский, Кальницкий и Киевский, а по левой стороне – семь: Переяславский, Миргородский, Кропивенский, Полтавский, Прилукский, Нежинский и Черниговский. Полки разделялись на сотни тоже неодинаково, в ином полку не было и десяти сотен, в ином до двадцати, и число казаков было в них неравное: в реестре 1649 г. в одних сотнях было по двести и по триста казаков, в других - только по несколько десятков. Полковник был начальником своего полкового округа полковая старшина, постепенно слагавшаяся по образцу генеральной - полковой обозный, судья, есаул, писарь - составляла совет при полковнике по всем делам своего полка сотник управлял своим сотенным округом казацкими общинами заведовали атаманы. Собственно говоря, с этими военными должностями была связана власть только над казачьим населением, но в действительности к ним перешла общая власть над всем населением только более значительные города и церковные и частные поместья находились в меньшей от них зависимости, подчиняясь лишь гетману, но помещичьих имений сначала было очень мало, так как огромное большинство их было уничтожено во время народного восстания.Вообще, военный строй хотя, в принципе, включал только казачье сословие, казачье войско, однако уже за десятилетнее правление Хмельницкого принял более общий характер.

Это не сразу вошло в сознание, но на практике почувствовалось очень скоро. Ведя переговоры с Москвой, он, по старой памяти, говорил, что войско будет управляться по своим порядкам, а к московскому правительству отойдет то, что ранее составляло прерогативы польского правительства. Но когда московское правительство начало присылать своих воевод, намеревалось собирать доходы с неказачьего населения и править им через своих агентов, казачья старшина, привыкнув за это время править нераздельно, почувствовала, что, собственно, для какого-либо иного управления нет уж места в Гетманщине: оно нарушило бы значение и силу казачества. Гетман сделался повелителем всей страны, главой украинского правительства, и все, что было на Украине, должно было ему повиноваться. Но гетман был главой военной казацкой организации, значит, и областные ее представители - полковники должны были получить значение власти всеобщей, всесословной. Военный штаб гетмана занимает место кабинета министров, украинского правительства.

Генеральная старшина: обозный, судья, есаул, писарь, называющиеся генеральными для отличия от таких же полковых чинов, становятся советом министров при гетмане и решают все дела общегосударственного характера. «Рада» старшин - генеральной старшины и полковников - и общая «войсковая рада» всего казачества собираются для важнейших дел и вершат судьбу страны.Казачья старшина и украинское общество чувствовали необходимость такого автономного всесословного устройства, и военная казачья организация выполняла ее роль но новый украинский автономный строй не был продуман до конца и не организован планомерно. Это пробовали сделать при Гадячской унии с Польшей в 1659 г., но эта конституция не была осуществлена на практике. Поэтому между понятием общеобластного правительства и понятием казацкого устройства, как организации войсковой, оставалась, так сказать, щель, в которую входили посторонние претензии, особенно московские, и вызывали беспорядок, неопределенность, раздражение. Крупным недостатком этого строя было то обстоятельство, что войсковые чины, старшинская рада или войсковая рада, в состав которой входили только казаки, а не все сословия: духовенство, мещане, крестьяне, шляхта, должны были править всем краем и всеми сословиями.

И так как все это были отношения совершенно новые, то тем более они складывались нелегко, вызывали недоразумения и трения. Новый строй был слишком классовым, сословным, связанным с войском, и это затрудняло переход его к новому общенародному, общегосударственному значению. Старые порядки войскового самоуправления, когда рады, собранные по какому-нибудь поводу каким-нибудь казаком, без церемонии смещали гетмана и старшину, не годились для новых отношений. Власть должна была быть прочной и уверенной в себе, раз на нее возлагалась ответственность за судьбу целого края, особенно в такой решительный момент, в таких тяжелых и сложных обстоятельствах. Хмельницкому удалось благодаря своим талантам и успехам высоко поднять гетманскую власть в сравнении с прошлым. Войсковые рады собирались только тогда, когда считал это нужным гетман - изредка, в наиболее важных вопросах, и то больше для формы.

Дела обсуждались на раде старшины, которую также созывал гетман, когда считал это нужным. Но эта новая практика вызывала неудовольствие среди некоторой части казачества, особенно на Запорожье, и преемникам Хмельницкого не всегда удавалось поддержать престиж своей власти, а всякое ослабление и шаткость власти гетмана ослабляли сейчас же значение этой центральной власти и всего казацкого строя, как управления и организации общегосударственных.