После громких побед, одержанных в Центральной Азии, монгольская знать устремила свои помыслы на завоевание Восточного Туркестана, Средней Азии и Казахстана. Монгольское государство отделяло от империи Хорезмшахов буферное владение, во главе которого стоял Кучлук-хан. Он был вождем найманов, бежавших на запад в результате поражения в 1204 г. от войска Темучина. Кучлук ушел в долину Иртыша, где объединился с меркитским ханом Тохтоа-беки. Однако после очередного разгрома в 1205 г. Кучлук с остатками найманов и кереитов бежал в долину р. Чу. В итоге длительной борьбы с местными тюркскими племенами и кара-китаями он утвердился в Восточном Туркестане и Южном Семиречье. Однако в 1218 г. огромная монгольская армия под командованием Джебе-нойона разгромила отряды Кучлук-хана.
Чингисхан, покорив Восточный Туркестан и Южное Семиречье, вплотную приблизился к границам державы Хорезмшахов, в которую входили Средняя Азия и большая часть Ирана.После захвата монголами значительной территории империи Цзинь хорезмшах Мухаммад II (1200-1220) отправил своих послов ко двору Чингисхана. Главной целью этой дипломатической миссии было получение сведений о вооруженных силах и дальнейших военных планах монголов. Чингисхан принял благосклонно посланцев из Хорезма, выразив надежду на установление интенсивных торговых связей с мусульманским Востоком. Он велел передать султану Мухаммаду, что считает его владыкой Запада, а себя - повелителем Азии. Вслед за тем он направил ответное посольство в Ургенч - столицу государства Хорезмшахов. Грозный воитель предложил через своих послов заключить договор о мире и торговле между двумя мировыми державами.В 1218 г. монголы снарядили в Среднюю Азию крупный торговый караван, везший много дорогих товаров и даров. Однако по прибытии в пограничный город Отрар караван был разграблен и перебит.
Это стало удобным предлогом для организации грандиозного похода монгольской рати. Осенью 1219 г. Чингис-хан двинул свое войско с берегов Иртыша на запад. В том же году оно вторглось в Мавераннахр.Весть об этом встревожила султанский двор в Ургенче. Экстренно собранный высший государственный совет не смог выработать разумный план военных действий. Шихаб ад-дин Хиваки, ближайший сподвижник Мухаммада II, предложил собрать народное ополчение и всеми боевыми силами встретить врага на берегах Сырдарьи. Предлагались и другие планы военных операций, но султан избрал тактику пассивной обороны. Хорезмшах и поддержавшие его сановники и полководцы, недооценивая осадное искусство монголов, полагались на крепость городов Мавераннахра. Султан принял решение сосредоточить основные силы на Амударье, подкрепив их ополченцами из соседних областей.
Мухаммад и его военачальники, засев в крепостях, рассчитывали напасть на монголов после того, как они рассеятся по стране в поисках добычи. Однако этот стратегический план не оправдался, что привело к гибели тысячные массы сельского и городского населения Казахстана, Средней Азии, Ирана и Афганистана.Громадная рать Чингис-хана достигла осенью 1219 г. Отрара и после пятимесячной осады захватила его (1220 г.). Отсюда монголы двинулись вперед по трем направлениям. Один из отрядов под командованием Джучи-хана отправился для захвата городов в низовьях Сырдарьи.
Второй отряд двинулся на покорение Ходжента, Бенакета и других пунктов Мавераннахра. Главные силы монголов под водительством самого Чингис-хана и его младшего сына, Тулуя, направились к Бухаре.Монгольское войско словно огненный смерч обрушилось на города и селения Казахстана и Средней Азии. Повсюду они встречали отпор со стороны простых крестьян, ремесленников, пастухов. Героическое сопротивление чужеземцам оказало население Ходжента во главе с эмиром Тимур Маликом.
В начале 1220 г. после непродолжительной осады Чингис-хан взял, разрушил и сжег Бухару. Большинство горожан, за исключением перешедшей на сторону завоевателей местной знати и части взятых в плен ремесленников, было перебито. Случайно уцелевшие от резни жители были мобилизованы в ополчения для ведения осадных работ.В марте 1220 г. орды Чингис-хана появились у Самарканда, где был сосредоточен сильный гарнизон хорезмшаха. Однако город был взят, разрушен и дочиста ограблен.Защитники Самарканда были перебиты лишь часть искусных ремесленников избежала этой участи, но была угнана в рабство. Вскоре весь Мавераннахр оказался под властью монголов.
Создавшаяся критическая ситуация требовала срочных и решительных мер, но безвольный султан и его ближайшие сподвижники ничего не предпринимали для организации отпора врагу. Обезумев от страха, они сеяли панику, рассылая повсюду указы о невмешательстве мирного населения в военные действия. Хорезмшах принял решение спасаться бегством в Ирак. Чингис-хан послал отряд монгольской армии для преследования Мухаммада, ушедшего в Нишапур, а оттуда - в Казвин. Монгольская конница стремительно двинулась по следам хорезмшаха в Северный Хорасан.
Отряды Джебе, Субедая и Тогучар-нойона овладели в 1220 г. Нисой и другими городами и крепостями Хорасана и Ирана. Спасаясь от преследования монголов, хорезмшах переправился на пустынный остров на Каспии, где и умер в декабре 1220 г.
