В 1800 г. во время четвертых президентских выборов Республиканская партия сумела впервые одержать победу над федералистами и прочно утвердиться у власти в США (лидеры республиканцев, соответственно Джефферсон, Мэдисон, Монро, сменяя друг друга на президентском посту, удерживали высшую власть в стране на протяжении 24 лет).В предвыборной платформе Республиканская партия в лапидарной и выразительной форме указала на непопулярные в массах итоги пребывания федералистов у власти: британское влияние, постоянная армия, прямые налоги, государственный долг, дорогостоящий флот, непомерно высокое жалованье для членов Конгресса, антиконституционные действия, ущемление Билля о правах. Республиканцы обещали избирателям реформу налоговой системы, предполагавшую перенос тяжести налогов на богатую часть общества. Они намеревались распустить армию, прекратить строительство флота, закрыть Национальный банк, реформировать суды, упростить чиновничий аппарат. Это вызвало настоящую панику среди федералистов, многие из которых, подобно Ф. Эймсу, пророчили Соединенным Штатам погружение в «первозданное состояние». Сама Республиканская партия приравнивала свою победу к «революции 1800г.» В 1819 г. в письме к С. Роэну Джефферсон утверждал, что революция 1800 г. означала «столь же осязаемую революцию в принципах управления, как и революция 1776 г. в государственных формах»Страхи федералистов усиливались по причине внушительного перевеса республиканцев. Победителями оказались сразу два республиканских кандидата, Т. Джефферсон и А. Бэрр, набравшие при этом равное число голосов выборщиков — по 73. Этот успех, правда, обернулся неожиданностью для республиканцев: поскольку раздельного голосования за президента и вице-президента тогда не проводилось (оно было введено XII поправкой к федеральной Конституции в 1804 г.), оба их лидера на равных претендовали на пост главы государства. При равенстве голосов выборщиков вопрос о судьбе главы государства в соответствии с Конституцией был перенесен в палату представителей Конгресса США, где решающее слово должны были сказать федералисты. Их размышления о том, кого из двух республиканцев предпочесть в качестве «меньшего зла», в значительной мере были разрешены советами Гамильтона: он призвал федералистов голосовать за Джефферсона, поскольку последний гораздо более прагматичен и не станет посягать на общественные устои. Совет Гамильтона был услышан, и Джефферсон занял президентское кресло.
События подтвердили прозорливость Гамильтона: общественно-политические устои США в период президентства Джефферсона остались незыблемы. Впрочем, и в избирательной кампании лидера Республиканской партии мотив обновления сочетался с мотивом преемственности. Первый мотив, напугавший федералистов и привлекший симпатии избирателей, заключался в требовании смелых демократических преобразований в разных сферах общественной жизни, а второй, менее заметный, состоял в обещании стоять на страже общественно-политических устоев, закрепленных Основным законом страны. В ходе выборов джефферсоновская партия подчеркивала, что является сторонницей Конституции 1787 г. и прочного союза штатов в не меньшей мере, чем федералисты. В ряде штатов джефферсоновцы даже предпочитали называть себя «республиканскими федералистами», всячески отводили обвинения в связях с антифедералистским движением 1787—1789 гг. и возмущались попытками соперничавшей партии утвердиться в качестве единственной хранительницы федеральной конституционной системы.В годы президентства Джефферсона (1801—1809), а затем и его республиканских преемников — Мэдисона (1809—1817) и Монро (1817—1825) — преемственность в политике двух партий получила разнообразные проявления. Республиканцы, подобно федералистам, заполняли государственные посты представителями элитных социальных слоев.
Приверженность джефферсоновских республиканцев политической демократии в этом отношении мало что изменила. Согласно современным данным, в федералистский период 95% представителей верхнего эшелона власти были выходцами из элиты или тесно связаны с ней, а в джефферсоновский период этот процент составил 85. Среди джефферсоновских государственных назначенцев был также несколько ниже процент людей с университетским образованием. Если в когорте федералистов было больше выходцев из городской элиты, то среди государственных деятелей и управленцев джефферсоновского периода преобладали богатые и зажиточные аграрии. Но в обоих случаях власть принадлежала элите, определявшей, какая политика в наибольшей степени полезна для страны и народа.В практической политике джефферсоновцам приходилось не раз идти на уступки федералистским доктринам вопреки своей воле, под давлением объективных, не зависящих от их мировоззрения потребностей американского общественно-исторического развития. Так, уже в начале президентства Джефферсон должен был отречься от одной из основополагающих доктрин партии — развития нации по чисто аграрному пути. В своем первом ежегодном послании Конгрессу США он объявил сельское хозяйство, мануфактуры, торговлю и мореплавание четырьмя столпами процветания. Постепенно он вынужден был поступиться и идеей государственного невмешательства в экономическое развитие, которая всегда занимала ведущее место в идейном арсенале республиканцев и которую сам он энергично пропагандировал на первых порах.
С 1805—1806 гг. Джефферсон стал доказывать, что средства государственной казны должны активно использоваться для развития судоходства, каналов, дорожного строительства и даже для поощрения мануфактур. Отказался он постепенно и от фритредерской идеи, признав, что государство обязано защищать национальную промышленность от иностранной конкуренции при помощи протекционистской политики.
