После смерти Грозного начался процесс возрождения влиятельной и многолюдной Боярской думы. Многие знатные лица получили высшие думные чины по случаю коронации Федора. Назначения не прекращались и в последующие месяцы. В 1584- 1585 гг. численность боярских курий думы возросла более чем вдвое. Подле старых членов думы появились новые: бояре князья Василий и Андрей Шуйские, князь И. М. Глинский, князья Никита и Тимофей Трубецкие, князь Ф. И. Троекуров, князь И.В. Сицкий, князь Ф. Д. Шестунов, князь Д. И. Хворостинин, а также Ф.В. Шереметев, Ф. Н. Романов, Степан и Григорий Годуновы, кравчий А.Н. Романов, окольничие князь Ф.И. Хворостинин, князь Д.П. Елецкий, князь Б.П. Засекин, князь И.В. Гагин, а также В.В. Головин, И.М. Бутурлин, И.И. Сабуров и А.П. Клешнин. Новый курс в отношении думы имел четкую политическую направленность. Боярская дума пополнилась почти исключительно за счет высшей знати и родни новой царицы.

Причем земская знать получила больше мест в думе, чем бывшие «дворовые» чины. К бывшей земщине принадлежали ярославские князья - Троекуров, Сицкий, Шестунов, Засекин, Гагин, а также дворяне Шереметев, Романов, Головин, Бутурлин, Сабуров. С «дворовой» службы пришли князья Шуйские и Трубецкие, а также Годуновы. Боярская дума спешила избавиться от худородных думных дворян - фактических руководителей государства при Грозном. Многочисленная курия думных дворян таяла на глазах. Вслед за могущественными временщиками Б. Я. Бельским и А. Ф. Нагим думу покинул В. Г. Зюзин, прославившийся кровавыми расправами во время опричнины.

Его имя навсегда исчезло из Разрядных книг. «Дворовый» окольничий С. Ф. Нагой, которого называли «орудием зла» в руках царя Ивана, был сослан на воеводство в Поволжье. Его брат, окольничий Ф. Ф. Нагой, попал в Углич. Б. В. Воейков утратил чин думного дворянина и в качестве рядового офицера (головы) удалился в Рязанский край.С давних времен Боярская дума служила представительным органом высшей аристократии. Поколебленный опричниной традиционный порядок возрождался на глазах. Прежде всего дума вернула себе ряд функций и привилегий, упраздненных опричниной. Власти восстановили высшую в думе боярскую должность - конюшего, упраздненную после казни конюшего И. П. Федорова в 1568 г. Важнейшей комиссией Боярской думы была «семибоярщина».

Она ведала столицей и всем государством в отсутствие царя. В годы террора Грозный изгнал бояр из столичной комиссии и препоручил ее дворянам и приказным, а затем и вовсе упразднил. При Федоре «семибоярщина» возродилась в полном соответствии с доопричной практикой. По случаю отъезда царя в Троицу в 1585 г. управление столицей осуществляли бояре Ф. И. Мстиславский, Н. Р. Юрьев, С. В. Годунов, князья Н. Р. Трубецкой, И. М. Глинский, Б. И. Татев и Ф. М. Троекуров.Наряду с думными чинами знать получила из казны обширные земли и доходные места. Больше всех в торге из-за чинов и владений выиграли опекуны и их родня. В полной мере использовали выгоды своего положения Юрьевы - Романовы. Огромных привилегий Добились регент И. П. Шуйский и его родня. И. П. Шуйский получил от казны богатые земли в Луховском удельном княжестве, принадлежавшем князьям Бельским, а позже валашскому господарю Богдану.

В руки боярина перешел город Кинешма с обширной волостью. Кроме того, прославленному воеводе был отдан в кормление весь Псков. Согласно официальным заявлениям правительства, царь Федор пожаловал князя И. П. Шуйского своим «великим жалованьем в кормление Псковом обема половинам, и со псковскими пригороды, и с тамгою, и с кабаки, чего никоторому боярину не давывал государь». Щедрых земельных пожалований удостоились князья Василий, Андрей и Дмитрий Ивановичи Шуйские. Младшему из братьев, князю Дмитрию, был передан город Гороховец «в путь с тамгою, и с кабаком, и с мыты, и с перевозы, и с мельницами, и рыбными ловлями, и со всеми крайчаго пути доходы...».Система кормлений была ликвидирована в процессе реформы местного управления еще в доопричный период. Кормления (наместничества) на основной территории постепенно заменялись воеводским управлением, означавшим более высокую степень централизации. На черносошном Севере отмена кормлений привела к утверждению системы выборных земских органов.

Однако при воцарении Федора произошло частичное оживление «кормленной» системы местного управления. В кормление Шуйскому был передан один из крупнейших посадов страны - Псков. На черносошном Севере обширная Важская земля перешла из-под управления земских органов в кормление новому конюшему боярину Б. Ф. Годунову. Кормленщики появились в Гороховце, Каргополе и других местах.Мероприятия, осуществленные властями в период после московского собора и коронации Федора, были призваны преодолеть наследие Грозного в политической жизни страны, но они вышли за рамки этой задачи.

Земская и «дворовая» знать использовала нововведения, чтобы возродить полновластную Боярскую думу, вернуть ей прежние прерогативы, расширить свои земельные владения и частично восстановить кормление.События, происходившие в Москве на протяжении двух месяцев после смерти Грозного, показали, что опричнина лишь ослабила влияние боярской аристократии, но не сломила ее могущества. При безвольном и ничтожном преемнике Грозного знать вновь подняла голову. Как только с политического горизонта исчезли зловещие фигуры Нагого и Бельского, бояре перестали скрывать свои подлинные чувства по поводу смерти царя Ивана.