В самом сердце Европы возникли религиозные распри, что, впрочем, явилось закономерным развитием событий. Аугсбургский договор возвратил протестантизму его положение, дал положительные результаты в заселенных протестантами районах. Но все же не водворил окончательно религиозного мира. Новые воззрения в кругу протестантов не подкрепили старых начал, но беспрестанно подавали повод к новым спорам и неурядицам. В то время, как католическая Церковь могла похвастаться духом единства, протестанты не могли ужиться между собой, спорили и нападали друг на друга.

Кроткий и снисходительный Меланхтон очутился во главе целой "школы" своих приверженцев, прямой противоположностью которых были последователи Кальвина. Несмотря на все его старания к примирению, даже его "школа" называла эти попытки слабостью и изменой. Ко всему этому примешалась злоба и зависть бывших "герцогских" саксонцев в отношении новых, "курфюрстских". Причем главными ревнителями были Матвей Флаций Иллирик и друг Лютера Амсдорф. К основному протестантскому учению об "искуплении" теперь примешались еще споры "синергистов" и "адиафористов". Предметом этих споров были вопросы: действительно ли человек сотворен был безгрешным или его только называют таковым о грехопадении и о том, волен ли человек настолько, чтобы ощущать в себе стремление к достижению божественной благодати наконец, необходимы ли добрые дела для достижения блаженства? Они не допускали мысли, чтобы Меланхтон соглашался с адиафористами лишь внешне. В 1559 году Амсдорф дошел до того, что высказал чудовищное положение, будто "добрые дела вредят достижению блаженства", и это воззрение "правильно и верно духу христианства".

Увлечение духовных лиц этими вопросами, которые волновали и глубоко интересовали народ, все усиливалось...Эти духовные лица, особенно те, которые имели влияние на главу государства, раздували пламя духовной, религиозной вражды. Они, так сказать, направляли ее в ту или другую сторону, придавали ей тот или другой оттенок. Это влекло за собой иногда такое духовное тиранство, перед которым прежнее насильственное обращение в реформатскую веру было ничто. Хорошо ли, дурно ли были направлены стремления объединить людей духовно, все равно они вели лишь к еще большим недоразумениям, порождали новые распри. До какой степени сильна была злоба и ненависть в богословах того времени, видно из последних слов умирающего Меланхтона, что он благодарит Бога за избавление от ярости богословов (rabies theologorum).

Меланхтон скончался в Виттенберге 19 апреля 1560 года.После его смерти еще долго продолжались горячие споры и пререкания, коснувшиеся теперь 10-й статьи Аугсбургского исповедания, а именно учения о Тайной Вечери. Толкование кальвинистов, отличавшееся тонкостью и глубоким благочестием, получило перевес над воззрениями Лютера и Цвингли особенно же укрепилось оно тогда, когда Фридрих III Пфальцский повелел в 1563 году составить в этом духе Гейдельсбергский катехизис. Кроме того, был отдан приказ на основании принципа "отечественной" веры изгонять из пределов государства всех тех проповедников, которые не приняли бы этого толкования. В течение одного века четыре раза меняло государство свою "отечественную" веру, и в то время, как проявился кальвинизм, в курфюршестве Саксонском после долгой борьбы восторжествовала лютеранская вера.

Под покровительством курфюрста Августа в 1577 году состоялась "Formula Concordiae", (формула соглашения) и в 1580 году была окончательно обнародована. В царствование его преемника Христиана I победа осталась за кальвинизмом или, как называли его враги, "филиппизмом", благодаря рьяному его поборнику, канцлеру Николаю Креллю. Но после смерти Христиана I, лютеране снова высоко подняли голову и даже отомстили канцлеру, который прежде был одним из лидеров кальвинистского движения и успеха. Он был арестован и после десятилетнего заключения казнен в Дрездене в 1609 г.Вплоть до 1580-х годов протестантизм еще лишь пробивал себе дорогу.

Император Фердинанд I, царствовавший с 1558 года по 1564 год, научился веротерпимости и соблюдению духовного мира, которому он особенно старался способствовать. Так, например, своему представителю на Тридентском соборе он поручил требовать причащения для язычников, брака для священников, пересмотра молитвословов, немецких церковных песнопений и т. д.Таким образом, протестантизм водворился при нем во всех габсбургских владениях, за исключением Тироля, а также в смежных с ним землях: в Венгрии и в Польше. В Австрии протестантская вера была распространена хоть и не так широко, но все же в высших слоях общества и государственного управления было много ее приверженцев. То же было и в Баварии: дворянство и почти все города были на стороне протестантства. Мнение одного венецианского посла, который говорит, что вряд ли десятая часть всего государства еще исповедует свою прежнюю веру, может быть преувеличено, однако достоверно известно, что в то время даже среди католического населения Германии (и даже в духовных владениях на Рейне), образовалась сильная протестантская партия.